Comienzas el juego levantandote de la cama, y ves a un tipo llamado Lebedev que te pregunta como estas despues de la emision. Habla con el hasta que te diga que vayas a ver a Cold, el tabernero, habla con el. Luego Lebedev te llama diciendo que hables con el, una vez que lo encuentres, te hablará sobre lo que ha pasado ultimamente (como para resumirte de que va la cosa). De repente, recives una llamada de socorro de un puesto de avanzadilla, Lebedev te mandará al comerciante de la Faccion para que te de armas, municion, y botiquines para rescatarlo, luego habla con el guía para que te lleve a su posicion.

Una vez que estes afuera de la base, busca el puesto de avanzadilla, pero ten cuidado con las anomalías, lanza un tornillo para saber por donde hay que caminar, una vez que llegues al puesto de avanzadilla, sube por la escalera y ayuda al guardia a eliminar a las bestias que rodean el puesto. Pero mientras haces eso, Lebedev te comunicará que vendrá una emision, y que tienes que volver a la base (si no logras hacerlo, tranquilo, que Lebedev mandará a algunos hombres a rescatarte).

Cuando te despiertas, veras que has vuelto a la base de Clear Sky, habla con Lebedev para preguntarle que fue lo que pasó, el te explicara que paso y que hay que hacer para evitarlo. Pero antes de eso, te pedirá que los ayudes a eliminar a la Faccion de los Renegados del pantano, ¿como?, uniendote a la faccion Clear Sky. Un vez que hayas aceptado ayudar a Lebedev y a su Faccion, habla con Nimble, para que te enseñe las nuevas funciones del PDA, hecho eso, habla con el guía para que te lleve a la cercanías de la Aldea Pesquera.

Cuando estés afuera, tendrás que capturar territorio para seguir avanzando (si no sabes que territorios capturar, ve al PDA, y ahi, elige la pestaña Guerra de Facciones. Abajo de eso, verás donde dice Capturar: XXX, los territorios a capturar), una vez que hayas capturado algunos territorios, recibirás un mensaje de Lebedev, ordenandote que captures el Patio de Maquinas. Cuando lo hayas capturado, te ordenarán que tomes la base de los renegados, tendrás que ir y capturarlo.

Una vez que lo hayas capturado, solamente te queda hablar con el Guía en la Granja del Sur (para ello, una vez que eliminaste la presencia de los renegados en la granja, tendrás que esperar a que vengan los refuerzos). Habla con el, y dile que te lleve a Cordón.