En 2011, unos cuantos stalkers consiguieron acercarse a la central nuclear de Chernóbyl por primera vez. Dicha irrupción, tan audaz en la teoría como en la ejecución, tuvo consecuencias inesperadas. La zona de exclusión se sumergió en el caos: una emisión sin precedentes de energía anómala destrozó toda el área, cubriendo senderos hasta entonces seguros con campos de anomalías mortales. Sin embargo, los audaces que estaban buscando nuevos caminos vieron la oportunidad de llegar hasta zonas jamás visitadas por un stalker, con el fin de explorar montañas de artefactos nunca usados por el hombre. Las emisiones regulares, que seguían sacudiendo la Zona en toda su extensión, conformaron el escenario de una batalla por el poder que más tarde se conocería como la guerra de facciones. La lucha encarnizada de todos contra todos acabó con el anterior equilibrio entre fuerzas. En estas circunstancias, un mercenario desconocido consiguió alterar el curso de los acontecimientos. Al verse envuelto en la contienda entre los clanes de stalkers, el hombre consiguió plantarle cara al legendario Strelok e intentó echar por tierra sus planes.
S.T.A.L.K.E.R es un juego táctico en primera persona ambientado en las extensiones irradiadas de la Zona. Esta devastada y peligrosa área, surgida de las ruinas de lo que un día fue la central nuclear de Chernóbil sirve de morada a aberraciones de la naturaleza, vestigios de la humanidad y un mercenario, un S.T.A.L.K.E.R., que debe luchar para revelar un pasado turbulento, mientras la Zona pelea por proteger un terrible futuro.
La historia de S.T.A.L.K.E.R.: Clear Sky coincide con la de su predecesor S.T.A.L.K.E.R.: Shadow of Chernobyl, salvo que ahora disponemos más detalles de lo ocurrido en el Año 2011; año en el cual se desarrolla Clear Sky.