En el universo de S.T.A.L.K.E.R. 2: Heart of Chornobyl, la Zona está habitada por diversas facciones, cada una con sus propias metas, ideologías y formas de actuar. A continuación, se presenta una descripción de cada una de las facciones presentes en el juego.

Sistema de reputación

Tu relación con una facción determinada, ya sea como amigo o enemigo, depende de tu reputación. Ayudar a stalkers afiliados con una facción específica impacta positivamente en tu reputación y afianza tu relación para con ellos. Las acciones hostiles tienen el efecto opuesto: dañan tu reputación y empeoran la opinión que la facción tiene sobre ti.

Si tu reputación con una facción que era neutral hacia ti desciende hasta un nivel crítico, los miembros de esa facción pueden volverse hostiles. Una facción hostil tratará de matarte cada vez que su camino se cruce con el tuyo. Con el tiempo, el enojo de la facción disminuirá. Se abstendrán de atacarte apenas te vean, pero seguirán tratándote con animosidad.

Sin embargo, es posible reparar tu relación y recuperar una reputación neutral. Esto requiere localizar a quien lidera la facción en su campamento y negociar con él o ella. Sin embargo, ten en cuenta que ciertas facciones de stalkers podrían tener distintos líderes, así como numerosos campamentos.

Un grupo de criminales organizados que actúan como una banda violenta dentro de la Zona. Su objetivo principal es aprovecharse de los demás Stalkers a través de robos, extorsiones y emboscadas. Aunque carecen de una estructura rígida, son peligrosos debido a su agresividad y astucia.

Una subdivisión de los Bandidos liderada por el notorio Sultán. Conocidos por ser incluso más despiadados y organizados, representan una amenaza mayor para los Stalkers en áreas bajo su influencia.

Se compone de los supervivientes de la antigua Clear Sky. Se la tiene jurada al SIRCAA y su brazo armado: Protección.

Un grupo dedicado a la investigación de la Zona y sus fenómenos. Aunque no están interesados en los conflictos entre facciones, suelen contratar Stalkers para proteger sus misiones y recolectar datos o artefactos.

Probablemente vinculado al personaje Alexander Degtyarev, conocido por su papel en la investigación de los eventos de la Zona. Una unidad especial, dedicada a la exploración y contención de la Zona.

Facción paramilitar dedicada a contener las amenazas de la Zona y proteger al mundo exterior de sus anomalías. Creen firmemente que la Zona es un peligro que debe ser eliminado a toda costa. Su enfoque disciplinado y militar los hace una fuerza respetable, aunque algunos los consideran demasiado rígidos en su ideología.

La fuerza militar oficial que tiene como misión mantener el control en la Zona. Representan la autoridad gubernamental y tratan a los Stalkers como intrusos. Están bien equipados, pero su enfoque rígido y burocrático a menudo les pone en conflicto con otras facciones.

Un grupo de idealistas que creen que la Zona es un fenómeno que debe ser estudiado y compartido con toda la humanidad. Son los principales opositores de Deber, y su estructura relajada y enfoque en la libertad personal los hace atractivos para Stalkers independientes.

Son el brazo armado de los Científicos del SIRCAA, para asegurar el éxito de las misiones científicas.

Antiguos miembros de Monolito que han logrado escapar del control mental al que estaban sometidos. Las sombras del pasado de sus miembros, no les permite gozar de demasiada confianza de los demás stalkers.

Soldados contratados que trabajan por dinero, sin lealtades claras. Pueden ser contratados por diversas facciones o incluso por intereses externos. Aunque eficientes y bien equipados, su naturaleza mercenaria los hace poco confiables para alianzas a largo plazo.

Un culto fanático que idolatra el misterioso Monolito, al que consideran una entidad divina. Son extremadamente hostiles hacia cualquier forastero y tienen un control rígido de ciertas áreas de la Zona. Su lealtad al Monolito parece estar más allá de toda razón.

Stalkers independientes que no pertenecen a ninguna facción. Sus motivaciones varían, desde buscar artefactos hasta simplemente sobrevivir en la Zona. Aunque no están organizados, forman una parte significativa de la comunidad de la Zona y a menudo interactúan con todas las facciones.