El Modo MultiJugador de S.T.A.L.K.E.R. consta de varias modalidades de juego. Dos de ellas son los típicos modos de DeathMatch y Team DeathMatch, pero la novedad en Shadow of Chernobyl es Caza del Artefacto, así como el Modo Captura del Artefacto en Clear Sky, ambos conceptos creados y desarrollados por los chicos del STALKER Team.
Cada uno a lo suyo. Tu objetivo es abatir (frag) a más enemigos que tus rivales antes de que el tiempo se acabe o alguien alcance el límite de abatidos. En este modo, solo se puede acceder al menú de compra una vez que el jugador muere.
Es un Modo de Juego sin demasiada táctica donde priman las habilidades de los jugadores.
En este modo, los jugadores se dividen en dos equipos, cada uno con sus propias armas.
En este modo, el equipo del jugador debe abatir más enemigos que la facción rival antes de que se acabe el tiempo o se alcance el límite de abatidos. Solo se puede acceder al menú de compra una vez que el jugador muere.
Siguen primando las habilidades individuales de los jugadores, sin embargo, una buena comunicación y coordinación puede significar la victoria en partidos muy igualados.
Original de S.T.A.L.K.E.R.: Shadow of Chernobyl. En este modo, los jugadores también se dividen en dos grupos, pero el principal objetivo es llevar el artefacto a la base del equipo (no cuentan los frags). Los equipos aparecen en dos lugares diferentes (sus respectivas bases), situados en los extremos opuestos del mapa. Solo se puede comprar en las respectivas bases. El artefacto aparece de forma aleatoria en lugares predeterminados del mapa. El equipo que lleve el artefacto hasta su base se anota un punto. Si ningún equipo recoge el artefacto o si alguno de los jugadores lo activa, desaparece durante un tiempo y vuelve a aparecer en otro lugar. Cualquier jugador puede activar el artefacto, que se convierte en una anomalía letal que no puede recogerse, o siempre queda activarlos en situaciones muy desesperadas, para no dejarle el artefacto en bandeja al enemigo.
Los artefactos spawnean (aparecen) en distintos lugares de los mapas, por lo que es imprescindible una buena coordinación para defender el artefacto y quién lo lleve para que lleguen sanos y salvos a la base. A pesar de que existe la opción para que no sea así, parece que la Comunidad de STALKER ha llegado a un consenso por el que el stalker que lleve el artefacto no podrá correr, lo que hace más importante aún la cobertura de su equipo.
S.T.A.L.K.E.R.: Clear Sky dispone del nuevo modo Captura del Artefacto. Es un modo muy parecido al Captura la Bandera que seguramente muchos habréis jugado en otros juegos. El objetivo del juego consiste en conseguir el artefacto de los enemigos, y traérlo hasta tu base, sin que los enemigos tengan también tu artefacto.