Como era de prever S.T.A.L.K.E.R.: Clear Sky solo tiene un final, dado que los acontecimientos tendrían que entrelazarse con los ocurridos en S.T.A.L.K.E.R.: Shadow of Chernobyl.
Tras luchar con gran intensidad en los alrededores de la Planta Nuclear de Chernobyl, y supuestamente matar a Strelok, todos los combatientes se ven sorprendidos por una fuerte y violenta Fuga que hace perder el conocimiento a todo el que estuviera ahí. Lejos de haber matado a nadie, como era de esperar de una Fuga de tal magnitud, los combatientes fueron apresados y 're-educados' por…… bueno, aquí es mejor que os paséis S.T.A.L.K.E.R.: Shadow of Chernobyl sino no tiene gracia.