Un stalker llamado Strelok solucionó el misterio del Cauterizador Cerebral - un transmisor energético, capaz de destruir la mente humana - y lo desactivó. Los stalkers luego empezaron a intentar adentrarse en el centro de la Zona, algunos para buscar el “Klondike”, una legendaria mina de artefactos, otros, nada menos que el “Monolito”.

Bajo estas condiciones nuevas, la Comisión Nacional de Defensa del Consejo de Seguridad de Ucrania decidió la puesta en marcha inmediata de una operación especial denominada “Fairway”. Guiados por los mapas de las áreas anómalas, las docenas de helicópteros militares cargados de tropas se dirigieron hacia la Central Nuclear de Chernóbyl. A pesar de la preparación cuidadosa, la operación acabó en fracaso, ninguno de los helicópteros regresaron a la base.

Para determinar las razones por el fracaso de la operación, el oficial de unidad estratégica de operaciones, Mayor Degtyarev, un stalker experimentado, ha sido enviado. Con un suministro de dos semanas de comestibles, un rifle de asalto y un radiotransmisor para comunicarse con el mando, empieza su largo y profundo viaje a la Zona.