Hola Depredador
No, no tienes que desisnstalar nada (A menos que de plano estés teniendo muchos problemas por alguna instalación dañada o algun archivo corrupto, pero son casos muy extremos) Simplemente en la misma carpeta donde está instalado el juego (por ejemplo C:\Program Files (x86)\THQ\S.T.A.L.K.E.R. - Shadow of Chernobyl) pones ahí la carpeta gamedata del mod.
Luego busca en la misma carpeta donde está instalado tu juego un archivo llamado fsgame.ltx, ábrelo con el bloc de notas y en la línea donde dice:
$game_data$ = true| false| $fs_root$| gamedata\
cámbale el "false" por "true" para que quede así:
$game_data$ = true| true| $fs_root$| gamedata\
Este paso es importantisimo por que si no lo haces no te leerá los archivos del gamedata.
Nunca mezcles dos gamedatas diferentes ni sobreescribas los archivos, ya que es 99.99% seguro que el juego va a crashear en algún momento, a menos que en el readme se especifique que es compatible con otros (por ejemplo skins y bugfixes)
También deberás iniciar una partida nueva cada vez que instales un mod,
saludos