Mmm, para darte una respuesta honesta, no se revela para quien trabajan. Usualmente los mercenarios son contratados por anónimos para conseguir artefactos u objetos de valor, misiones de asesinato, etc. por grandes sumas de dinero o artefactos de valor similar.
En COP, yo creería que estarían más interesados en los secretos de la Zona, puesto que no están muy activos, siendo solamente 3 grupos (dos en Zaton y uno en Jupiter, contratado por los científicos). El último grupo consta de Jackal que aparece una sola vez en una misión opcional en Pripyat.
Espero haber aclarado tus dudas ^^.
PD: En el final dirá eso creo, pero lo que varía solamente es el estado de la facción.