Tenés que hablar con el general de la facción a la que te quieras unir, en la PDA te lo marca como personaje importante.
Estos generales se encuentran en las bases de cada facción. En el caso de los stalkers que tienen dos bases (una en Cordón y la otra en el Instituto Agroprom) tenés que ir a la que está en Cordón.
Unirse a una facción no es obligatorio para la historia principal del juego, pero te divertís un rato cuando vas a atacar la base enemiga
Elegí la que mas te guste, o guardá la partida ahora que sos neutral y después vas haciendo otras partidas con otros nombres y vas probando con todas las facciones.