Vale, has pasado por la ciudad, Prypiat, pero no sé si has entrado ya en la central. Creo que sí, por lo que dices de la estructura (el sarcófago). Si lo has hecho, pasar de la ciudad a la central es el único punto de no retorno en el juego, así que no podrás volver atrás si te has dejado por hacer la misión que te comento. Todavía te queda un buen rato de juego.
¿Has recogido un decodificador en uno de los edificios de Prypiat? Para que te salga esa misión, antes de pasar a la ciudad tendrás que haber hablado por segunda vez con Doc. Si no lo has hecho, carga una partida anterior a la central para poder regresar a donde está Doc.
En el siguiente enlace te explica cómo encontrar el final bueno. Contiene spoilers, así que si quieres investigar tú mismo, no lo abras.
stalkerhispano.com/foros/s-t-a-l-k-e-r-s...final-bueno-como.php