Tu pregunta abarca un tema tan extenso que seria dificil darte una respuesta concreta, pero en resumen los mods en CoP son modificaciones del juego que permiten tanto cambiar las propias condiciones del juego para hacerlo mas realista, añadir nuevas interfaces de menus (GUI o HUD) o incluso añadir o modificar objetos del propio juego. Tambien existen mods para optimizar y mejorar la capacidad grafica del juego etc.. Aqui tienes una lista de todos los mods recopilados en
STALKERHispano y tambien la pagina de la comunidad
Filefront de STALKER.
Si lo que quieres es añadirle realismo y/o dificultad al juego, te recomiendo el
Dade's CoP Mod 1.4 (el mas reciente). En la pagina podras ver todos los cambios realizados por el mod.
Nos vemos, camarada!