Todo lo que mencionas e puede arreglar configurando el engine y sus shaders.
La apariencia general de los juegos la deciden los diseñadores, no son inherentes del motor que estén usando.
En general, si el motor previene que los diseñadores obtengan cierto ambiente, agregan lo que necesitan al engine (otros efectos, u otros métodos de iluminacion y ese tipo de cosas) o hacen algo para circunventar el problema (problemas de iluminacion se pueden disimular en las texturas, limitaciones del engine se pueden disimular en el diseño de los niveles, etc).
Un ejemplo bastante claro son la cantidad de juegos distintos que se han hecho con el motor Source del HL2. En el mismo dia que se lanzó el HL2, salió el Vampire Bloodlines, un juego de rol en 3ra/1ra persona que usaba el Source.
Lo mas probable es que entre mas intenten hacer parecer las escenas a las del STALKER original, menos se perciba la diferencia entre usar el CE3 o el XRay, pues como mencioné, importa más la orientación artística general que los efectos en cuestión.